扶贫攻坚阶段（1994－2000年）
1994年后，云南贫困人口相应减少，贫困人口分布特征呈点（贫困村）、片（特殊贫困片区）、线（沿边境贫困带）并存的新特征。1994年3月，《国家八七扶贫攻坚计划》出台，提出集中人力、物力、财力，动员社会各界力量，到2000年末基本解决农村贫困人口的温饱问题，中国扶贫开发进入了攻坚阶段。同年8月，云南制定并实施《云南省七七扶贫攻坚计划》，在坚持开发式扶贫方针的基础上，调整扶贫政策，把以县为单位进行扶贫开发调整为扶持重点县和扶贫到村、扶贫到户相结合的政策。1995年12月的全省扶贫开发工作会议决定，把打好扶贫攻坚战、实现贫困人口基本解决温饱作为云南省“九五”计划的重大战略任务。为了按期完成“扶贫攻坚”计划，出台《关于打好扶贫攻坚战，确保“九五”基本脱贫的决定》，确定全省73个贫困县中的506个贫困乡为重点攻坚对象。1996年底，省委、省政府召开全省扶贫工作会议，强调实行扶贫工作责任制，扶贫任务落实到各级政府，分解到各个部门。认真落实挂钩扶贫任务，在资金、物资、技术等方面大力支持贫困地区的开发建设，做到不脱贫不脱钩。从此，全省大规模的扶贫攻坚战全面启动。全省各地按照自力更生和国家扶持相结合、治穷与治愚相结合、开放与开发相结合、区域开发与扶贫到户相结合、扶贫工作与加强农村基层建设相结合的方针，大力推行挂钩对口扶贫、小额信贷扶贫、易地开发扶贫和劳务输出扶贫等措施，开展扶贫攻坚。
到2000年底，按照国家核定的农村贫困人口新标准，云南还有405万特困人口（含农村有劳动能力的贫困残疾人口），有600万人口初步解决温饱但仍处于不稳定状况，需要进一步巩固脱贫成果。全省农村尚未解决温饱的绝对贫困人口由1993年底的783万人减少到160万人，贫困发生率由23.8%下降到4.7%，全省73个国家重点扶持县的农民人均纯收入从491元提高到1100元，全省粮食总产量从1993年的1085.24万吨增加到2000年的1467.80万吨，如期实现了基本解决全省贫困人口温饱问题的目标。
综合性扶贫开发新阶段（2001—2010年）
进入21世纪后，国家经济持续高速增长，城乡、区域差距日趋扩大。随着贫困人口的减少和贫困格局的变化，党中央、国务院更加重视贫困地区、边疆民族地区的经济和社会发展，实施西部大开发战略，不断加大对这些地区的扶持力度。国务院于2001年5月颁布《中国农村扶贫开发纲要（2001—2010年）》，扶贫工作的重心从县级下移到村级，强调群众参与制定实施扶贫开发规划，重点实施“一体两翼”战略，扶贫开发事业进入一个新阶段。为了实现全面建设小康社会的目标，进一步加快新时期的扶贫开发工作。云南按照中央要求制定实施了《云南省农村扶贫开发纲要（2001—2010年）》，把405万特困人口作为帮助扶持的首要对象，同时继续帮助600万基本解决温饱的贫困人口脱贫致富，重视农村残疾人扶贫工作，把贫困人口相对集中的少数民族地区、边境地区、革命老区和自然环境条件恶劣的特困地区列为扶贫开发的重点区域。此后，又相继出台了《关于加快新时期扶贫开发工作的决定》《关于实施“兴边富民工程”的决定》等文件，为促进贫困地区的可持续发展和大规模的减贫脱贫发挥了政策支撑作用。通过积极推进以自然村为单元的整村推进、进行劳动转移培训和开展产业扶贫的“一体两翼”战略，实施特殊困难群体重点帮扶和“兴边富民工程”，加快片区综合开发，认真落实易地搬迁扶贫、安居温饱工程、以工代赈等专项扶贫措施，全民动员、全社会参与扶贫开发，创新扶贫机制和政策研究等一系列扶贫攻坚行动，贫困问题得到有效缓解，特殊困难群体和区域脱贫进程持续加快，2010年7月在昆明召开的亚洲政党扶贫专题会议认为，“云南的扶贫开发所创造的经验是亚洲的财富”。
2001年到2010年，云南累计投入专项财政扶贫资金216亿元，减少农村贫困人口697万人，深度贫困人口由337.5万人下降到160.2万人，贫困地区农民人均年纯收入从1100元增加到3109元，人均GDP由2207元提高到8590元，人均地方财政收入由120元提高到546元。
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